Decorrente de um desafio lançado pelo Reitor da ULisboa, relativo à criação de diversos Colégios da Universidade, uma Comissão foi nomeada (Despacho Reitoral nº 11472/2015) para estudar este assunto no âmbito da Química, sendo composta por: Armando Pombeiro (IST), Francisco Lemos (IST), Mário Berberan e Santos (IST), Carlos Castro (FC), Maria José Calhorda (FC), Manuel Minas da Piedade (FC), Helena Pereira (ISA), Carlos Afonso (FF), Miguel Castanho (FM) e Cristina Bento (FMH). Esta Comissão Proponente para a criação do Colégio de Química da ULisboa foi coordenada por A. Pombeiro e, após avaliação positiva da proposta pelo Conselho Coordenador da ULisboa e pela Comissão para os Assuntos Científicos do Senado, o Reitor, Prof. António Cruz Serra, decidiu criar o CQUL e nomear uma Comissão Instaladora (constituída pelos membros acima listados, com exceção de Miguel Castanho, substituído por Nuno Santos) a qual elaborou propostas para Regulamento e Regimento, Plano de Atividades (para triénio 2017-2019) e lista de potenciais membros.

O Colégio foi oficialmente apresentado pelo Coordenador da Comissão Instaladora, Armando Pombeiro, numa Sessão de Apresentação presidida pelo Reitor e decorrida a  27 de outubro de 2016 no Salão Nobre da Reitoria da ULisboa. Os objetivos, estratégias, atividades propostas, estrutura e composição do CQUL foram então apresentados.

A primeira Assembleia Geral do CQUL, decorrida a 17 de abril de 2017, no Salão Nobre da Reitoria, marcou o término da Comissão Instaladora e a eleição dos membros para as diversas estruturas organizacionais (Conselho Coordenador, Divisões, Comissões Executiva e Mesa da Assembleia Geral). Nesta reunião foram aprovados o Regulamento e Regimento do Colégio de Química e apresentados o Plano de Atividades e Orçamento para 2017-2019.